米曲霉通常是用來提高食品釀造業的生產效率和產品質量的。

米曲霉屬半知菌亞門，絲孢綱，絲孢目，從梗孢科，曲霉屬真菌中的一個常見種。米曲霉是一類產復合酶的菌株，除產蛋白酶外，還可產淀粉酶、糖化酶、纖維素酶、植酸酶等。

米曲霉是理想的生產大腸桿菌不能表達的真核生物活性蛋白的載體。米曲霉基因組所包含的信息可以用來尋找最適合米曲霉發酵的條件，這將有助于提高食品釀造業的生產效率和產品質量。

米曲菌在發酵肥料方面的應用：米曲霉能夠強烈分解蛋白質、纖維素、半纖維素、木質素等，并將嗜熱、耐熱細菌、真菌、酵母菌菌株及相關分解酶復合而成，其有效活菌數含量高，降解能力強，同時能夠達到升溫、除臭、消除病蟲害、雜草種子和提高養分的效果。

在適宜的條件下，能迅速將堆料中的碳、氮、磷、鉀、硫等分解礦化，形成簡單有機物，從而進一步分解為作物可吸收的營養成分。

用米曲霉發酵的肥料具有以下好處：

1、使秸稈中所含的有機質及磷、鉀等元素成為植物生長所需的營養，并產生大量有益微生物，刺激作物生產，提高土壤有機質，改善土壤結構。

2、補充土壤中有益微生物數量，進一步促進土壤中物質和能量轉化，腐殖質的形成和分解，提高肥料利用率。

3、產生有益代謝物，抑制和殺死有害菌。